Так как это госконтракт - отсутствует возможность изменения цены договора, оплата должна быть произведена в полной сумме. Законодательство не обязывает Вас сообщать контрагенту о смене режима и вносить изменения в действующие договоры, в общем, вам решать бороться за право не платить ндс или нет, с точки зрения законодательства - все понятно, заказчику, понятно, что не понравится.
Если выставляем:
Цитата: 51. Раздел 12 декларации заполняется только в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога следующими лицами:налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога на добавленную стоимость;налогоплательщиками при отгрузке товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость;лицами, не являющимися налогоплательщиками налога на добавленную стоимость.51.1. При заполнении раздела 12 декларации необходимо указать ИНН и КПП налогоплательщика; порядковый номер страницы.51.2. В графе 3 по строке 001 указывается признак актуальности сведений, отраженных в разделе 12 декларации. Строка 001 заполняется в случае представления налогоплательщиком уточненной декларации.Цифра "0" проставляется в случае, если в ранее представленной декларации сведения по данному разделу не представлялись либо в случае замены сведений, если выявлены ошибки в ранее поданных сведениях или неполнота отражения сведений.Цифра "1" проставляется в случае, если сведения, представленные в налоговый орган налогоплательщиком или лицом, не являющимся налогоплательщиком, ранее, актуальны, достоверны, изменению не подлежат и в налоговый орган не представляются. При этом в строках 020 - 080ставятся прочерки.51.3. В графе 3 по строкам 020 - 030 отражаются сведения, указанные в строке 1 формы счета-фактуры, утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации от 26 декабря 2011 г. N 1137 (далее - счет-фактура).51.4. В графе 3 по строке 040 - 050 отражаются сведения, указанные соответственно в строках 6б - 7 формы счета-фактуры.51.5. В графе 3 по строкам 060 - 080 отражаются данные, указанные соответственно в графах 5, 8 и 9 формы счета-фактуры.